房租个税扣除标准有三档，南京属于省会城市，扣除标准为1500元 。
扣除标准：
①直辖市、省会城市、计划单列市以及国务院确定的其他城市，扣除标准为每月1500元 。
②除了以上城市，市辖区户籍人口超过100万的城市，扣除标准为每月1100元 。
③市辖区户籍人口不超过100万的城市，扣除标准为每月800元 。
【南京住房租金专项附加扣除标准有几档】扣除方式：定额扣除
扣除主体：
1.夫妻双方主要工作城市相同：只能由一方（即承租人）扣除；
2.夫妻双方主要工作城市不同，且各自在其主要工作城市都没有住房的：分别扣除 。
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