根据《财政部 税务总局 人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》(财行〔2019〕11号)规定，税务机关对单位和个人未按照法律、行政法规或者委托代征协议规定履行代扣、代收、代征义务的，不得支付“三代”税款手续费 。
因此，扣缴义务人未按照规定代扣代缴个人所得税，在税务机关的检查环节补缴的个人所得税不能计入“三代”手续费的基数 。
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
【南京查补的个税税款可以计入“三代”手续费的基数吗】（九）偶然所得 。
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