这时候已经当了监国的朱由崧，听说崇祯皇帝的太子前来投奔，十分害怕，因为如果证明这个少年真是太子，他就得归政，于是朱由崧打定了主意，坚决不承认前来投奔的少年是真太子 。但是无论在朝廷上如何盘问，少年都对答如流;从北方逃过来的老太监也都指认少年确实是太子朱慈烺，尽管如此朱由崧还是一口咬定少年是假扮太子，不由分说把他关进监狱，并将知道内幕的一些大臣毒死 。据说，后来清军攻破南京，太子朱慈烺被押回京，在北京被清朝当局处死 。清朝方面的行动，使真假太子之谜又蒙上了一层政治色彩，更加难以辨别了 。
还有一种说法是：太子跟随李自成败退，后逃出做了和尚 。在李自成军队败退北京的路上，刘宗敏受了重伤，放松了对他的看管，他就找了个机会和他以前的老师李士淳从闯王的军中逃了出来，后来到了李士淳的老家广东嘉应州阴那山出家当了和尚 。据说太子死后，庙里就开始供奉一尊“太子菩萨”的神位 。这尊神位始终保留着，直到辛亥革命后，清王朝覆灭了，人们才知道原来供奉的这尊塑像就是明朝的逃亡太子 。李士淳的后人也声称他们的先祖确实在乱军之中救了太子，并把太子带回自己的家乡，两人还一同出家做了和尚 。
【明朝灭亡后崇祯三个皇子下落竟成千古之谜】种种说法，难辨真伪，不过，这都是皇太子生死之谜的一个环节，给历史增添了不少扑朔迷离的色彩，更显出它的无穷魅力 。
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