１、料温不能升高：可能是粪类太多 ， 堆料压得过紧 ， 造成厌气发酵 。２、堆料温度不能升到技术指标的要求：可能是草料过多 ， 堆料太松散 ， 水分不足 。３、堆料翻开有白色粉状物：可能是堆料温度过高 ， 而且水分不足 ， 高温性的放线菌大量生长 ， 大量消耗堆料养分 。处理办法是翻堆补充水分 。４、堆料发黑 ， 手感粘糊 ， 有臭味：可能是粪类过多 ， 过湿 ， 透气性差所致 。５、草料腐烂 ， 粪块夹生 ， 有霉味：可能是预浸时处理不妥 ， 草料过分浸泡 ， 且含水量过大 。粪块浸泡不透 。再加上前几次翻堆不妥 ， 料温不能升高 。
二次发酵
蘑菇培养料的二次发酵 ， 也叫后发酵 ， 是在第一次发酵 ， 即培养料堆制或前发酵的基础上进行的 。二次发酵可以在室内进行 ， 也可以在室外进行 。
室内培养料的二次发酵可以在第一次发酵的第三次翻堆后的第２－３天进行 ， 趁着料温回升时把料送入菇房床架上摊平成２０－２５公分厚 。或第一次发酵的第五次翻堆后第５－６天进房 。培养料进房后 ， 封密门窗 ， 不能泄气 。加热源 ， 可以是热蒸汽、电源、烧煤炭等 。把室温在８－１２小时内 ， 升到摄氏６０－６５度 ， 保持４－６小时 。然后降温至摄氏５０－５２度 ， 保持４－５天 。待温度降至摄氏２５－２７度即可播种 。
室外培养料第二次发酵是在第一次发酵结束后 ， 趁着料温未降时重新建堆 。建堆前在堆底开－条通气沟 。堆好后用草帘盖好 。夜间及雨天用塑料膜覆盖 ， 其内用竹枝撑起约２０公分距离 。建堆后第二天料温应升至摄氏６０度 ， 保持４－６小时 ， 然后掀起覆盖物降温至摄氏５０－５２度 ， 这时候要用插棒插一些５公分深的小孔 ， 加强透气 。如此保持４－５天 ， 趁着料温未降时及时进房 。
不过 ， 对蘑菇培养料进行二次发酵时要注意几个问题：
１、进行二次发酵的培养料无论是室内或室外进行 ， 都要趁第一次发酵的料温未降时赶快进行 。２、第二次发酵后经过升温 ， 水分有蒸发散失 。发酵后要适当补充水分 ， 补充的水温要与料温－致为好 。３、第二次发酵时间一般４－５天 ， 时间不宜过长 。及时进房 。４、室内进行第二次发酵的 ， 播种前一定要做好室内的换气工作 。５、室外进行第二次发酵的 ， 要保证堆温按时提升或降低 ， 加强透气 ， 培养料质量才有保证 。
经过第二次发酵的培养料进一步熟化 ， 促使大量有益微生物生长发育 ， 促进养分分解和有效养分的积累 ， 并杀灭培养料中的害虫及有害微生物 ， 使蘑菇菌种的菌丝体在最短时间内适应营养环境 ， 顺利生长发育 。
优质的培养料应该是质地松软亮泽 ， 粪料松散软绵 ， 变成灰褐色 ， 但不是黑色 ， 无结块 ， 无氨味 ， 无粪臭味 ， 无酸腐味 ， 无霉味 。草料柔润有韧性 ， 成条状 ， 用力可拉断 。用指甲刮草条 ， 表皮易脱离但不断 ， 无臭味而有草香味 ， 不霉烂、黄褐色 。用手捏培养料指间有水渗出 ， 成团 ， 不粘糊 ， 松手可散开 。酸碱度６．８－７．２ 。最后一次翻堆后的第五天仍有摄氏５０度以上 ， 但不超过摄氏６０度 。堆的体积缩小了４０％左右 ， 料的重量减少了３０％左右 ， 含水量大约６５％为宜 。
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