截至2019年底，全市共有公立医院230家，其中三甲医院36家 。2017年，全市所有公立医院全部取消药品加成，公立医院补偿由服务收费、药品加成和政府补助3个渠道转变为服务收费和政府补助2个渠道 。在此基础上，2019年，全市1365家公立医疗机构全面取消了医用耗材加成 。
公立医院综合改革以来，医药费用不合理增长的势头得到遏制，医药费用增幅由2012年的28%降至2019年的10%左右，居民个人卫生支出占卫生总费用的比重由2012年的35%降至2018年的28% 。与此同时，医务人员的收入稳步增长，公立医院人员支出占业务支出的比例由2012年的31.47%提高至2019年的39.08% 。
去年末，重庆市还联手云贵川藏4省（自治区），试点实现区域116家定点医疗机构门诊费用直接结算 。截至今年5月，重庆市在西南片区共开通门诊直接结算医疗机构1237家 。
【重庆849家医疗机构接入全国异地结算平台】市医保局表示，重庆市将力争在年内基本实现符合条件的异地就医患者在重庆市所有定点医院直接结算，并进一步扩大西南片区跨省异地就医门诊直接结算试点范围，尽早实现特病慢病等其他门诊类别的跨省异地就医直接结算 。
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