与此同时，陆建章见大势已去，只好答应和平解决，最后达成两项交易：陆建章向北京政府保荐陈树藩取代他出任陕西督军；陈树藩则负责释放陆承武，保护陆家生命财产安全，送出潼关 。随后，陈树藩亲自护送陆承武回西安，又亲自护送陆家老少出潼关 。5月18日自任陕西督军,通电全国 。不久，北京政府也发表陈树藩督理陕西军务的命令 。
1916年6月6日，袁世凯在全国人民的唾骂声中死去 。6月10日，段祺瑞发出命令，委任陈树藩为将军府汉武将军，7月，正式任命陈树藩为陕西督军 。陈树藩当上陕督之后，便积极扶植个人势力，他把刘世珑、曾继贤等亲信提升为旅长、团长，但在反袁逐陆中立了大功的民党人士胡景翼仅委以团长，曹世英部连正规军也没编上 。
陈树藩督陕时部队编制序列(1916年7月)
陕西督军 陈树藩
第1混成旅 旅长 刘世珑
第1团 团长 商震
第2团 团长 刘国栋
第2混成旅 旅长 陈树藩
第3团 团长 曾继贤
第4团 团长 井岳秀
第4混成旅 旅长 葛光延
第7团 团长 赵景清
第8团 团长 刘希曾
1917年12月，陕西国民党人士响应孙中山护法反皖的号召，高峻首先在渭北白水宣布独立 ， 通电讨陈 。随后胡景翼和警备军统领耿直也起兵反陈，并成立陕西靖国军总司令部 。1918年8月 ， 三原籍人士、老同盟会员于右任抵达三原 ， 被推举为陕西靖国军总司令 。
1920年7月，直皖战争爆发，几天之间，皖系战败，段祺瑞下台 ， 陈树藩失去靠山 。为了保住地位，他又改投直奉军阀 。同时为了讨好靖国军 ， 将1918年9月诱捕囚禁的靖国军第4路司令胡景翼释放回三原 。1921年3月，陈树藩为改变困境,率部袭击靖国军，但遭到失败，驱陈斗争更趋高涨 。
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