缺失的过渡化石
缺失的过渡化石：进化论认为物种是通过逐渐演化而来的，但一些人认为在化石记录中缺乏足够的过渡化石，无法证明物种的逐渐演化过程 。然而，化石记录只是地质历史的一小部分 ， 而且化石的形成和保存是非常罕见的，因此缺乏过渡化石并不意味着进化论的无效性 。
复杂的器官起源
复杂的器官起源：一些复杂的器官，如眼睛和翅膀 ， 被认为是进化过程中逐渐演化而来的 。然而，一些人认为这些器官的复杂性和功能无法通过逐渐的小步变化来解释 。然而，进化论提出了渐进演化的概念，即通过逐步的小变化和自然选择，逐渐演化出复杂的器官 。
生命起源之谜
【进化论的未解之谜有哪些】
生命起源之谜：虽然进化论指出生物是在一代代中不断地依据环境条件发生不同的进化，但由于地球早期雷电提供能量形成的有机物经过不断地发展形成了有机多分子，这些分子会自主聚集形成团聚体并具有繁殖、生长等生命现象，进而慢慢形成了单细胞 。但形成足够的有机物非常困难 ， 实际成功概率很低并且非常难以实现，因此，生命起源的问题仍需进一步探讨 。
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