1、科属不同：小叶黄杨为黄杨属常绿灌木，大叶黄杨为卫矛属灌木 。2、别称不同：小叶黄杨别称瓜子黄杨 ， 大叶黄杨别称长叶黄杨 。3、习性不同：小叶黄杨忌酸性土壤，大叶黄杨酸性土也能适应 。4、形态不同：小叶黄杨高2米，大叶黄杨高达3米 。5、功效不同：小叶黄杨具有祛风湿等症状，大叶黄杨具有调经止痛的功效 。
一、科属不同
1、小叶黄杨
小叶黄杨为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、原始花被亚纲、无患子目、黄杨亚目、黄杨科、黄杨属常绿灌木或小乔木 。
2、大叶黄杨
大叶黄杨为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、原始花被亚纲、无患子目、卫矛亚目、卫矛科、卫矛亚科、卫矛族、卫矛属灌木 。
二、别称不同
1、小叶黄杨
小叶黄杨别称瓜子黄杨，主要产地为中国安徽、浙江、江西和湖北 。
2、大叶黄杨
大叶黄杨别称长叶黄杨、冬青卫矛、正木、扶芳树、四季青、七里香、日本卫矛等，中国南北各省区都有栽培 。
三、习性不同
1、小叶黄杨
小叶黄杨性喜肥沃湿润土壤，忌酸性土壤，抗逆性强，耐水肥，抗污染，能吸收空气中二氧化硫等有毒气体，有耐寒、耐盐碱、抗病虫害等特性 。
2、大叶黄杨
大叶黄杨喜光耐阴，要求温暖湿润的气候和肥沃的土壤，酸性土、中性土或微碱性土均适应，萌发性强，适应性强，耐寒，耐干旱瘠薄，耐修剪整形 。
四、形态不同
1、小叶黄杨
（1）小叶黄杨为灌木 ， 高2米，茎枝四棱，光滑，密集，小枝节间长3-5毫米，叶小，对生，革质，椭圆形或倒卵形 ， 长1-2厘米 ， 先端圆钝，有时微凹，基部楔形 。
（2）最宽处在中部或中部以上，有短柄 ， 表面暗绿色，背面黄绿，表面有柔毛，背面无毛，二面均光亮，花多在枝顶簇生 ， 花淡黄绿色 ， 没有花瓣 ， 有香气 。
2、大叶黄杨
（1）大叶黄杨为灌木，高达3米 ， 小枝四棱 ， 具细微皱突 ， 叶革质，有光泽，倒卵形或椭圆形，聚伞花序5-12花 ， 花序梗长2-5厘米 ， 2-3次分枝 。
（2）蒴果近球状，直径约8毫米，淡红色，种子每室1，顶生，椭圆状，长约6毫米，直径约4毫米，假种皮桔红色，全包种子 ， 花期6-7月 ， 果熟期9-10月 。
五、功效不同
1、小叶黄杨
【小叶黄杨和大叶黄杨的区别，详细介绍】（1）小叶黄杨的药用部位为根、枝、叶 ， 味苦 ， 性平 。
（2）具有祛风湿、理气止痛、清热解毒的功效 ， 用于风湿痹痛、牙痛、胸腹气胀、疝痛、跌打损伤、热疖等症 。
2、大叶黄杨
（1）大叶黄杨的药用部位为根，味苦、辛 ， 性温 。
（2）具有调经止痛的功效，用于月经不调、痛经、跌打损伤、骨折、小便淋痛等症 。
