没有永远的朋友，只有永远的利益，在战乱时，桓玄、殷仲堪、杨佺期三人可以共同作战，但一旦恢复到和平时期，矛盾就显露出来 。桓玄被推为盟主，自认天王老子第一，杨佺期出身弘农杨氏，自是瞧不起老兵之子，殷仲堪顾忌桓玄的影响力，虽然不断调和，但终反目成仇 。
在反复的角逐中，杨佺期被灭，尔后握有桓玄兄弟桓伟当人质的殷仲堪也被打败，在桓玄的逼令下自杀 。桓玄上表希望成为荆州江州二州刺史，朝廷为了表彰功臣，将荆司雍秦梁益宁七州的军事大权全部交给桓玄，江州就交给他的兄弟桓伟来管理，但是桓玄坚持要自己上位，于是最后，桓玄手下有八郡军事大权，还领了个江州刺史，桓伟换了个雍州刺史当当 。
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一个人再有能力也不可能如此强悍，但是桓家的势力已经无人能扼制，傻子都看得出来，桓玄的地盘太大，东晋总共才占多少地啊?全都给桓家得去了!东边孙恩作乱，桓玄声称勤王，实质上他整出了趁你病，要你命的招旗 。
桓玄入京后，自己总掌国事，受命侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，领徐州刺史，加假黄钺、羽葆鼓吹、班剑二十人 。为了独霸朝纲，他流放并毒杀司马道子;杀司马元显、庾楷、司马尚之和司马道子的太傅府中属吏，分派桓氏宗族和亲信出任内外职位 。自置为太尉、平西将军、都督中外诸军事、扬州牧、领豫州刺史 。另外又加衮冕之服，绿綟绶，增班剑至六十人，剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名的礼遇 。为了完成父亲的遗愿，他让全国避其父桓温名讳，同名同姓者全改名，又赠其生母为豫章公太夫人 。
