果然，噶尔丹回到漠北，表面上对清朝表示臣服，实际上却在暗中招兵买马 。康熙三十三年(1694年)，康熙约见噶尔丹，打算订立盟约，遭到噶尔丹拒绝 。噶尔丹不但不来，连派去的使臣也被杀害 。同时，噶尔丹还派人到漠南造谣煽动叛乱 。康熙帝知噶尔丹毫无悔改之意，便出一计，密令科尔沁土谢图亲王等人，假装投降噶尔丹，承诺作为夹攻清军时的内应，以此诱噶尔丹出兵 。康熙三十四年，噶尔丹果然亲率三万骑兵出征，结果被清军一举歼灭 。
第二次亲征
【康熙改变历史的战役 康熙三战噶尔丹】康熙三十五年，康熙帝再次帅八旗劲旅出征 。兵分三路，康熙帝自率中路军，往瀚海以北前进，三路军约期夹攻 。途中有传言沙俄要助噶尔丹出兵，许多大臣惊慌，建议康熙停止进军，大学士伊桑阿等力主回师 。惟抚远大将军费扬古力主御敌 。康熙决定独排众议，坚持进击噶尔丹，并警告大臣们：“不奋勇前往逡巡退后，朕必诛之 。”又说：“朕祭告天地宗庙出征，不见贼而返，何以对天下？且大军退，则贼尽锐往西路，西路军不其殆乎？”
康熙一方面“手绘阵图，指示方略”，另一方面派遣使者去告诉噶尔丹，说康熙帝已经御驾亲征的消息 。噶尔丹闻讯不敢置信，登山遥望，果然有御营黄幄龙纛，知道确实是康熙亲征，且军容整齐浩大，顿时丧胆，当下拔营遁逃 。隔天，清军赶到克鲁伦河时，对岸已不见噶尔丹踪迹 。康熙亲率追赶三天，也没追上，于是只好通知西路军大将费扬古，要他们在途中截击噶尔丹 。噶尔丹带兵逃奔五天五夜，到了昭莫多，与清西路军费扬古相遇，遭埋伏，兵败 。昭莫多一战，噶尔丹几乎全军覆没，被歼万余人，最后噶尔丹只得“引数骑逃去”，此后便一撅不振 。六月，康熙驾还京师 。
第三次亲征
由于噶尔丹暴虐好战，所以很多部众都背叛他 。以致其到处流窜，无安身之处 。康熙三十六年，康熙决定第三次亲征，给予残存的噶尔丹势力彻底结束 。噶尔丹残部一听清康熙皇帝再度亲征，纷纷自动前去投降，甚至还领路追捕噶尔丹 。噶尔丹在众叛亲离的情况下，只好选择服毒自杀，结束其好斗喜战的一生 。清朝与噶尔丹之间的战争，持续了八年，终于宣告结束 。
康熙在三次亲征当中，不计“万乘之尊”，与士兵们同甘苦、共患难的精神，“日惟一餐，恒饮浊水，甘受劳苦”，使清军士兵们非常感动，这也是三次征战清军都能获胜的原因之一 。康熙明智的决策，加上英勇有胆识，统帅大军三次出塞，消灭了边境的侵扰，使清朝国土的巩固有了良好的基础 。康熙不仅胆识、远见、气魄，无人能出其右，甚至在平定噶尔丹以后，对准噶尔部仍采取宽大、仁爱的政策，在历代帝王中，其胸襟无人能比 。同时也由于康熙对准噶尔部的种种仁爱措施，使准噶尔部对清朝保持密切且稳定的关系 。
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