食用菌多数是好氧性的 。同其它生物一样 ， 食用菌的呼吸作用是吸收氧气 ， 排出二氧化碳 。食用菌分解糖类等有机物质是靠氧化作用进行的 ， 过高浓度的二氧化碳直接影响食用菌的呼吸活动 ， 而有碍生长发育 。
一般在菌丝体生长阶段消耗的氧气不多 ， 不过通气与否对菌丝体的生长速度也有明显影响 。在子实体形成时期则需要消耗较多的氧气 ， 此时通气好 ， 氧气充足 ， 能促进子实体分化和长大 。否则 ， 通气差 ， 二氧化碳积累多 ， 子实体就难形成 ， 生长也慢 。
当子实体形成后 ， 呼吸作用旺盛 ， 对氧气的需要量急剧增加 ， 此时若通气不良 ， 小食用菌会变黄死亡；开伞阶段 ， 氧气不足 ， 便不会散放孢子 ， 孢子在氧气不足的情况下也不会萌发 。灵芝子实体在二氧化碳为0. 1%环境中 ， 一般不形成菌盖 ， 菌柄分化成鹿角状分枝 。【氧气和二氧化碳对食用菌的生长有什么作用】
二氧化碳浓度增加到10%时 ， 没有任何组织分化 ， 甚至影响皮壳发育 。二氧化碳浓度达到0. 1%时 ， 猴头菌形成珊瑚状分枝；蘑菇、香菇出现柄长、开伞早的畸形菇 。
为了保证菌丝体生长对氧气的需要 ， 培养母种时常将培养基制成斜面 ， 培养原种和栽培种时培养料只装到瓶肩处 ， 而且装料要松紧适度 ， 并于中部从上到下戳一个洞 。
为了保证子实体生长对氧气的需要 ， 当子实体原基一形成 ， 就立即加强培养室的通风换气 ， 随着子实体的长大 ， 通风换气也相应增加 。
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