赤藓糖醇的副作用大量的动物和临床实验已经证明赤藓糖醇安全无毒，无致畸毒性，不会引起染色体变 异，也不会影响生殖和发育，不致癌变，也不刺激肿瘤生长，消化道对其有较好的耐受性，对糠尿病患者的代谢没有明显的影响,对血糖控制无副作用 。
不过有一项研究显示，一种可以感染人畜的病原菌布鲁杆菌可以代谢赤藓糖醇，但没有证据显示布鲁杆菌是肠道的“常住民”，所以暂时不用担心赤藓糖醇会影响肠道菌群的平衡 。
虽然赤藓糖醇无毒，但是一般来说患肠易激综合征或其他消化疾病的人最好要避免使用包含赤藓糖醇的产品 。此类病人食用赤藓糖醇可能会加重病症 。
2、不会影响正常的醣类代谢，不会造成血糖明显上升，并不影响胰岛素分泌，适合用来替代蔗糖用于糖尿病患者的食物或饮料中，缺点是几乎不会产生热量，无法在低血糖时以此进行急救 。【赤藓糖醇的副作用】
3、在目前已知的糖醇中，热量值最低 。
4、赤藓糖醇会抑制容易引起蛀牙的转糖链球菌(Streptococcus mutans)生长，不易生成牙菌斑，不过受限于成本，目前应用的产品较少 。
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赤藓糖醇的每日摄取量国外研究指出，赤藓糖醇每天容许量约50公克，单次服用大于50公克会出现噁心与胃部不适感，不同人对于赤藓糖醇的耐受度会有差异 。
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