当然这里是指原发的疾病，继发的不在此列 。随着养殖业规模化、标准化和现代化的发展，鸡群所处的环境很多都是人为控制 ， 这使两种病的发生已经没有明显的季节性，比如夏季长时间的湿帘纵向通风，人为的给鸡群提供了风寒湿的环境，则有可能引起禽流感的发生 。
三、症状分类
按照禽流感病毒对禽类的致病性和毒力大小 ， 禽流感可分为高致病性、低致病性和非致病性三大类 。根据临床及病理变化特点分为最急性型、急性型和慢性型 。
新城疫临床常见最急性型、急性型、慢性型和非典型新城疫四种临床症状和病理表现 。
四、初步鉴别诊断
这两种疾病的最急性型都没有临床表现，直接死鸡 。除此之外，我们可以从以下几点进行初步鉴别诊断：
1、神经症状
新城疫神经症状比较典型、有扭颈、仰头、摇头、转圈现象，较禽流感明显 。
2、嗉囊
典型的新城疫病鸡大多嗉囊膨胀 ， 炎症较重，里面充满酸臭味的液体或糊状物（嗉囊积液），倒提病鸡时从口中流出，并且死鸡或感染较严重的病鸡多数都有，而禽流感病鸡若没有出现其他继发问题，这种情况不多见 。
新城疫嗉囊积液
3、十二指肠
典型性新城疫可引起十二指肠淋巴滤泡肿胀 ， 有较大的出血点或斑，肠管有粗细不一变化，切开粗部肠管有黄色胶冻样分泌液；严重的情况下肠道粘膜上常出现枣核状溃疡，而禽流感病例中较少见，禽流感肠道粘膜一般不形成溃疡，主要表现为整个十二指肠弥漫性的出血和十二指肠淋巴滤泡的肿胀 。
新城疫枣核状溃疡
4、卵黄蒂后面的淋巴结
当鸡在健康的状况下或感染禽流感时，鸡的卵黄蒂后面的淋巴结是不明显的；当鸡感染了鸡新城疫病毒后，这个淋巴结就会突显出来 ， 呈椭圆形的肿胀，并有少量出血点，严重的可形成溃疡，并带有黏性绿色的假膜，小肠有绿色的粪便；禽流感一般不会在卵黄蒂淋巴出现病变，主要表现是整个小肠弥漫性的出血 。
5、腺胃
虽然两者能见到腺胃乳头的肿胀 ， 出血点等现象，新城疫主要表现在腺胃乳头出血；流感主要表现在腺胃基部及乳头间出血多，有时也表现为腺胃乳头出血，并且有脓性分泌物 。
6、肌胃
禽流感肌胃有条状出血；新城疫病鸡的肌胃角质层下有出血，而且胃内容物大多呈绿色 ， 非常典型 。
7、水肿
禽流感鸡的典型症状是鸡冠、肉垂发紫、肿胀，肉髯极度肿胀，颈部皮下有胶冻样渗出；鸡新城疫很少肿头、肿脸，无皮下胶冻样渗出，除非出现继发感染，出现继发感染也可能会引起个别的出现肿头 。
左侧为新城疫病鸡，右侧为禽流感病鸡
8、肝脏
禽流感肝脏多表现为褪色发黄或发白 ， 并且有时体积变小，肝脏表面有出血斑或点；新城疫一般无此症状，新城疫主要引起肝脏的病变，肝脏多发暗或发黑 。
9、肾脏
禽流感可引起肾脏肿大、出血；新城疫一般不引起肾脏的病变 。
10、肺脏
禽流感肺脏湿润 ， 有淤血水肿，指压有泡沫样渗出物 ， 肺脏呈局灶性出血坏死；新城疫肺脏干燥，多有广泛性的出血坏死，指压无变化 。
11、法氏囊
禽流感法氏囊肿大有出血，新城疫一般无 。
12、卵巢
禽流感产蛋鸡的卵巢血肿变形，充血、出血严重，有的出现卵黄性腹膜炎；新城疫较轻，卵泡常表现为菜花状 。
二者都可因卵黄坠入腹腔而发生卵黄性膜炎 。禽流感卵黄多褪色，不成形（或呈袋状），腹腔内卵黄液多?。?没有特殊的臭味；新城疫卵黄成形，多充血 。当继发大肠杆菌病时会发生卵黄性腹膜炎，或有特殊的臭味 。
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