常见先天性泌尿系统异常泌尿道感染除了细菌经由尿道口进入之外，在婴幼儿时期若只是单纯的细菌感染，只要重视日常的清洁卫生与药物治疗，很少会有反复感染的情形；若有反复性的泌尿感染问题，则必须找出原因并对症治疗 ， 才能真正减少复发的情况，常见的先天性泌尿功能与构造异常如下：
1.膀胱输尿管逆流此为婴幼儿最常见的先天性泌尿系统异常 。一般正常状况下 ， 尿液经输尿管进入膀胱后，不管在储尿（压力较低）或排尿（压力较高），也不管多用力 ， 膀胱内的尿液并不会逆流到输尿管或肾脏 。但若输尿管在进入膀胱的交接处有先天性缺陷，或因其他病因导致膀胱内尿液逆流至输尿管 ， 容易造成反复性的感染，严重者会导致肾脏感染及肾功能受损 。
2.双条输尿管一般正常情况下，一个肾脏由一条输尿管连接膀胱，但若一个肾脏有两条输尿管，也就是先天性泌尿器官异常，大多是无症状的「不完全型」 ， 即两条输尿管先汇集成一条再进入膀胱，Y型输尿管，大多到成人时做泌尿系统检查才意外发现 。但若为「完全型」：指一个肾脏却有两条输尿管独立连接至膀胱 ， 其中一条可能太短 ， 易导致膀胱输尿管逆流，另一条则太长 ， 易形成输尿管膨囊或异位输尿管 。输尿管膨囊会影响尿流，造成水肾、感染及肾功能受损 。
3.肾盂输尿管交界处狭窄指肾盂和输尿管的连接处宛若漏斗，交界处就是漏斗的颈部（由大变小处） ， 肾盂输尿管交界处狭窄也会让尿流不顺 。轻度的狭窄仅有轻度水肾，经追踪观察，若不影响肾功能持续观察即可；重度的狭窄则需手术将狭窄处做大 ， 至于要做内视镜或开放式手术，则视狭窄的位置而定 。
4.尿道阻塞尿道阻塞的原因很多，婴幼儿以先天性的「后尿道瓣膜」最常见 ， 治疗则是将瓣膜切开或切除 。
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