元符三年(1100)，宋哲宗病逝，宋徽宗即位，旧党在向太后的支持下重新抬头，孟氏被接回皇宫，恢复皇后名号 。因刘氏已被封为元符皇后，为了加以区别，孟氏被称作元祐皇后 。不料，次年向太后病逝，继而又发生了元祐党人事件，宋徽宗任用新党，贬谪旧党，失去了向太后这座靠山的孟氏再受牵连 。崇宁元年(1102)十月，孟氏二度被废，重回瑶华宫，名号改为“希微元通知和妙静仙师” 。
之后的二十五年，孟氏一直在瑶华宫过着清苦的日子，虽然惨淡，倒也平静 。然而，靖康元年(1126)的一场大火，却将瑶华宫化为灰烬，孟氏只好迁居延宁宫 。不久，延宁宫又发生火灾，孟氏不得不搬到位于大相国寺附近的弟弟家中居住 。靖康二年(1127)，宋钦宗闻悉孟氏的遭遇，便和近臣商量，想再次把孟氏接回皇宫，重新尊为元祐皇后 。
然而，诏令还没有发出去，金兵就攻陷了汴京 。金兵在金太宗的授意下，决定对大宋采取最恶毒的手段，即将整个大宋皇室全部掳往金国，企图彻底灭亡大宋 。为此，金兵在汉奸的指认下，将京城内外所有皇室成员统统抓捕 。孟氏被废为庶人，甚至被人们遗忘多年，因此幸运地逃过此劫，不仅避免了被金人俘虏北去、客死他乡的灾难，而且在以后的岁月里享受了至高无上的荣耀 。塞翁失马，焉知非福，孟氏在“靖康之难”中得以幸免，就是很好的诠释 。
【北宋亡国后妃被劫掠一空 只有一人得以幸免】金人撤回北方后，张邦昌建立伪楚政权 。由于人心思宋，且孟氏在内，赵构拥兵在外，宋王朝的大旗并未完全倒下 。为了给自己留条后路，张邦昌一面将孟氏接入皇宫，尊为宋太后，“政事当取后旨”，一面派人将传国玉玺送到赵构手中 。不久，张邦昌又尊孟氏为元祐皇后，让她垂帘听政 。
五月一日，赵构在应天府(今河南商丘)称帝，建立南宋，孟氏于当天撤帘还政，赵构尊她为元祐太后，后又改为隆祐太后 。建炎三年(1129)三月，在杭州刚站稳脚跟的赵构遭遇了一次兵变，被迫退位 。乱军头目要求赵构“禅位元子(按：赵构之子赵旉)，太后垂帘听政” 。孟氏不谙政治，不知所措，但迫于形势，只能硬着头皮对叛军曲意抚慰 。不久，在韩世忠等人的支援下，叛军溃败，孟氏久悬的心这才放了下来 。
赵构重登皇位后，孟氏再次撤帘，赵构尊孟氏为皇太后 。不久，金兵大举南侵，赵构逃往东南滨海，孟氏逃往西南洪州(今南昌) 。孟氏好不容易熬过惊心动魄的兵变，又踏上了颠簸流离的路程 。金人退兵后，赵构想念孟氏，派人四处探访，最后将她接到越州(今绍兴) 。从此，孟氏算是安定下来 。从靖康之难到赵构即位，孟皇后的存在，在一定程度上减少了从北宋到南宋过渡时期的政治动荡 。没有孟氏，赵构不可能当上皇帝;没有孟氏，赵构也不容易再度掌权 。
鉴于孟氏在国家两度危难之时起到的不可替代的作用，赵构对孟氏非常孝顺，“虽帷帐皆亲视;或得时果，必先献太后，然后敢尝” 。长期沦为庶人的遭遇，使孟氏养成了生活节俭的习惯，以她当时的地位 。
完全可以随意支取钱帛，但她每月只肯领一千生活费，能够度日即可 。孟氏喜欢喝越酒，赵构认为越酒酸苦不好喝，可以让外地进贡好酒，而孟氏却自己派人拿钱去买，孟氏的品行大抵如此 。
绍兴元年(1131)春，孟氏患风疾，赵构悉心伺候不离左右，接连数日衣不解带，“帝旦暮不离左右，衣弗解带者连夕” 。四月，孟氏病死，享年五十九岁，她的灵牌不仅放在宋哲宗祀室，还位列刘皇后之上，“附神主于哲宗室，位在昭怀皇后上” 。后来，赵构将孟氏改谥昭慈圣献皇后 。
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