由于各层菇木所受温度、湿度不同，含水量容易发生变化，如果不翻堆，就会使菌丝生长不均匀 。因此，接种后，每隔2-3周要进行翻堆一次，把上下左右里外互相调换一次位置 。在翻堆时，还要根据气温的变化、雨量多少及树皮厚薄，相应改变堆放形式，以利菌丝生长 。同时，干旱时应结合翻堆进行浇水保湿 。
4、遮荫
菇木堆放好后，必须根据不同的环境条件进行遮荫，避免阳光直射，借以保持菇木的含水量，雨水多时还需做好防湿工作，勿使菌丝淹死 。
5、防止杂菌和虫害
在自然条件下栽培香菇，要尽量防止杂菌和害虫的为害，需要采取相应措施，减少其发生 。如结合翻堆进行菇场消毒，除去周围的杂草，调节空气和水分等，以保证香菇菌丝的迅速生长，而不利于杂菌的繁衍为害 。
六、子实体产生
1、起架时间
（1）段木接种后，菌丝的生长速度因菇木大小、树种、堆放和管理情况不同而有差别 。在温暖地区，一般冬末春初接种的，经过春、夏、秋三季，约8-9个月，菌丝基本发育成熟；但在寒冷地区或者菇木过大，菌丝要经过两个夏天，才能发育到出菇的程度，约在立冬前后（11月7号前后），当气温下降到月平均14-16℃时，菇蕾才相继出现，这时应将菇木移到适于子实体形成的场所（应具有6-7成荫蔽，空气相对度以75-90%为宜），把菇木起架，让其出菇 。
（2）架木要适时，如果架木过早，气温过高，湿度太低等管理不善，菇木容易干燥脱皮；架木过迟，会影响子实体产生，降低产量 。
（3）一般地用刀背或手指敲打菇木树皮时，发生的声音为浊音或树皮组织松软、粗糙不平或瘤状突起、皮下呈黄色或黄褐色，且有香菇味者，表明菇木内菌丝发育成熟，已具有子实体产生的基础，应及时转入出菇场，同时将长有杂菌或长出新枝的菇木剔去 。
2、起架方法
先打好木桩，离地65cm左右放上横木，菇场环境潮湿的可架高些，环境干燥可架低些 。横木长短随地形而定，两侧呈人字形，交错排列，菇木间距10cm以上，便于子实体形成和采收 。
3、出菇期间管理
（1）菇木散放后，菇木含水量减少，冬天往往雨水少，湿度低，难以满足出菇所需的水分 。因此，在架木前，应先补足水分，然后起架，这时因为菇木集中，给水也方便，还可以减少水分流失 。菇木的补水有浸水和喷水两种方法 。
（2）前者把菇木浸在水中8-12小时即可，此法省水省时，出菇整齐，但劳动强度大，且菇木损耗大，浸水时不宜用流水浸，以避免养分损失；后者需连续补水4-6天，每天间歇性喷洒3-6小时 。
（3）注意事项：
①菇木补足水分后，如遇气温偏低（10℃以下），必须保温在20℃左右，保湿在85%以上，进行催蕾，待菇蕾大量长到黄豆大小时，才散堆架木 。
②补充水分时不要选在气温十分干燥的时候，最好是一次补足 。当第一批菇采收后，不能马上补水，让菇木干燥一段时间（1-2个月），再补水进行第二次催蕾，这样可使菌丝受到刺激，促进分化 。
七、采菇后管理
1、段木栽培香菇具有一次性接种，多年出菇的特点 。出菇多在春、秋两季 。当菌伞尚未完全展开，即菌盖边缘尚稍内卷，菌膜刚破裂时，是采收的最适期 。其产量可达10-15斤/m3 。
2、菇木经过几个月的子实体生长发育，原来积累的营养物质大多发育成香菇 。为了第二年生产高产优质的香菇，需继续恢复生长积累物质 。因此，在香菇采收期结束后，尽快地恢复菌丝长势，积累营养物质 。在菇木采收完后，将菇木移回堆放场，重复前面的过程，即堆放、补水、起架等 。
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