2、繁殖无病种子：在良种场或种子繁殖基地繁殖无病种 。种田距离大田至少100米以外，所使用的种子必须经过严格处理，保证一切无病 。做好无病种子的繁殖工作是预防该病的根本措施，可以避免种子处理的繁重工作 。
3、选择抗病品种 。小麦散黑穗病原菌生理变异速度慢，小麦对散黑穗病的抵抗性是单基因显性遗传，抗原也丰富，有利于抗原品种的选择 。在选择抗病品种中，病原菌不能进入胚胎，也不能进入胚胎，但分生组织的发育有差异，可以利用闭花授粉的特征进行选择 。
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