对未成熟的植物种子的保护作用，对动物的口腔产生强刺激，使它不敢采食 。辣椒成熟后它的辣椒素的含量会降的很低甚至几乎没有 。
【辣椒素在植物本身中起什么作用】例如：普通的大辣椒，成熟后 ， 变成红色，将内部的种子和胎座去掉后，可以发现辣椒的果肉是甜的 。
辣椒素是辣椒的活性成分 。它对哺乳动物包括人类都有刺激性并可在口腔中产生灼烧感 。辣椒素和与其相关一些的化合物并称为辣椒元，它们是辣椒产生的次级代谢产物，可能为了对草食动物形成威慑 。一般鸟类都不对辣椒元敏感 。纯辣椒素是一种斥水亲脂、无色无嗅的结晶或蜡状化合物 。
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