栽培袋接种后，要及时移入菇棚内发菌 。菇棚在使用前应进行消毒 。一般在使用前3天进行消毒 。先用10倍的火碱溶液用喷雾器向室内地面和墙壁进行喷雾消毒，再用甲醛和高锰酸钾混合或点燃硫磺熏蒸消毒，用药后密闭24小时，然后打开通气口，通风换气2天，最后用生石灰粉撒施 。
将栽培袋移入菇棚的床架上进行立体栽培，两架之间留80-100厘米的走道，每架上每一米分一挡，每挡又分4-6层，每层上可以堆放多层栽培袋；温度高时，每层要少放，防止袋内出现高温；也可直接堆放在地上，一端出菇的栽培袋应两袋相对并列为一排•出菇端向外，堆高数层 。两端出菇的栽培袋应单排摆放堆高数层，两排之间应留80-100厘米的走道，以便管理和采菇 。现在生产中多采用立体栽培模式，可以充分利用棚内的空间，既增加栽培面积，又便于管理 。
【当金针菇生长进入发菌期时期如何管理】菌丝生长会产生大量的二氧化碳，因此，在菌丝萌发后，特别是在菌丝盖面以后，应通风，在菌丝萌发前期早晚通风各15-30分钟，在中后期应通风30-60分钟以上 。
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