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绿霉是羊肚菌生产中危害性最大的一种传染性病害，一旦感染很容易长不出菇来，造成严重的经济损失 ， 而且这种病无法根治，只能预防和及时缓解 。降低菇房温度和湿度 ， 加大通风量 。用3%的来苏尔溶液或3%的甲醛溶液室内喷熏，后用1%的高锰酸钾溶液清洗霉菌处 。在霉菌处撒上高锰酸钾颗粒，喷水于霉菌外围 。
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此外还可以取生石灰9份、多菌灵1份、水适量灌刷霉菌处 。用5%的石灰水浸泡霉菌，待霉菌消失后排除石灰水，补上新料 。用1∶200倍克霉灵溶液注射料袋内的绿霉或灌刷床面绿霉 。用1∶800倍苯菌灵溶液喷洒料袋或料床霉菌处 。在霉菌处涂刷95%的酒精或煤油，点火烧掉，然后挖除，填补新料 。
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用3%来苏尔溶液喷洒霉菌处，洗擦工具后将霉菌挖掉，每挖一次将工具洗擦一次，挖除后填补培养料和菌种 。此法可彻底根治晚期霉菌 。生料栽培时，用特克多1300倍液，可彻底防治和根除霉菌孳生 。
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