吴茱萸的功效主治：散寒止痛，降逆止呕，助阳止泻 。用于厥阴头痛，寒疝腹痛，寒湿脚气，经行腹痛，脘腹胀痛，呕吐吞酸，五更泄泻 。
1、清热、散寒、止痛：据《本草纲目》记载，吴茱萸辛热能散能温，苦热能燥能坚，所以以其散寒温中、燥湿解郁之功清热、散寒、止痛，用于肝胃虚寒所引起的腹院胀痛、头痛、经痛、关节疼痛等症 。
2、降逆止呕、止泻：用于胃寒吐泻、恶心、打嗝吞酸、口腔溃疡、湿疹、黄水疮、高血压、脚气、水肿、口苦及胃热型慢性胃炎等症 。
3、温中除湿：凡脾胃之气，喜温而恶寒，遇寒则中气不能运化，或者冷食不消化，或者引起腹内绞痛，或寒痰停积以致气逆发咳、五脏不利，可用吴茱萸，辛温暖脾胃而散寒邪，则中自温、气自下，而诸症消除 。用于胃火上逆、疝气、消化不良、胸肋胀满、呕吐等症 。
4、解肝郁：据清代医学典籍《本草便读》记载，吴茱奥辛苦而温，芳香而燥，为肝之主药，而兼入脾胃，因为脾喜香燥，胃喜降下 。吴茱萸极能宣散郁结，治疗肝气郁滞，治肝治胃以及中下寒湿滞浊 。
对消化系统的作用
研究表明：吴茱萸中所含的吴茱萸苦素为苦味质，有苦味健胃作用，其所含的挥发油又具有芳香健胃作用 。吴茱萸的甲醇提取物，有抗大鼠水浸应激性溃疡的作用;水煎剂还具有抗盐酸性胃溃疡和消炎痛加乙醇性胃溃疡作用，对水浸应激性和结扎幽门性溃疡有抑制形成的倾向.吴茱萸对离体小肠活动有双向作用，低浓度时兴奋，高浓度时抑制自发收缩活动，既能拮抗烟碱、毒扁豆碱、乙酰胆碱、组胺、氯化钡、酚妥拉明、利血平对离体小肠的兴奋作用;亦能对抗六烃季胺、阿托品和肾上腺素对离体小肠的抑制作用，但不能拮抗苯海拉明、罂粟碱、异搏定、美散痛对离体兔小肠的抑制作用 。
对子宫平滑肌的作用
吴茱萸中的拟交感成分对羟福林有松弛离体子宫作用，除去拟交感成分的残存液则兴奋大鼠子宫并可对抗对羟福林的松弛作用 。其兴奋子宫的成分为去氢吴茱萸碱、吴茱萸次碱和芸香胺 。去氢吴茱萸碱可能为 5-羟色胺受体激动剂，其兴奋子宫作用能被二甲基麦角新碱阻断而不能被阿托品阻断 。
对中枢神经系统的作用
主要为镇痛作用，其镇痛成分为吴茱萸碱、吴茱萸次碱、异吴茱萸碱及吴茱萸内酯 。静脉注射吴茱萸的10%的乙醇提取物，可使家兔体温升高，也可提高电刺激兔齿髓引起的口边肌群挛缩的阈值，其作用强度与氨基比林相当 。吴茱萸水煎剂5g/kg和20g/kg均能显著延迟痛觉反应时间，可维持2.5小时都不消失.口服吴茱萸有镇吐作用，与生姜同服，镇吐作用可被加强 。但亦有报告指出，吴茱萸煎剂及丙酮浸膏分别给犬灌胃，对4%硫酸铜所致犬的呕吐均无镇吐作用 。
对心血管系统的作用
吴茱萸醇-水提取物0.03～0 。24g/kg给麻醉猫静注产生依赖性升压效应和提高膈膜的收缩力，但四乙胺不能拮抗.给清醒大鼠腹腔注射亦引起升压 。两侧肾切除、酚妥拉明或心得安都显著降低其升压作用 。实验表明：吴茱萸煎剂、冲剂和蒸馏液，静注和灌胃均有显著降压作用，且有剂量依赖性，降压持续时间较长，一般长达3小时以上，降压时不明显影响心率，但肌肉注射则降压作用甚弱，对实验性肾性高血压犬及正常兔亦有降压作用 。甘草煎剂可使吴茱萸的降压作用丧失 。吴茱萸对神经节无阻断作用，但能对抗肾上腺素、去甲肾上腺素、脑垂体后叶素引起的升压反应.有报告认为，吴茱萸醇水提物对心血管的作用是通过兴奋α-受体和β-受体产生的 。
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